Почему церковь преследовала создателей новых учений о строении…?

Потому, что религии всегда использовали что то недостижимое, для получения власти) что нельзя проверить, опровергнуть. Ну и разумеется любые попытки пролить свет на недостижимое воспринималось как покушение на власть)