На территории Российской Федерации существуют несколько археологических музеев-заповедников. Они были созданы на основе различных объектов археологического наследия: городищ, селищ, остатков древних поселений, могильников, комплексов наскальных изображений. Среди них музей-заповедник «Костенки» в Воронежской области (палеолитическая стоянка), музей-заповедник «Танаис» в Ростовской области (античный город III в. До н.э. – V в.н.э.) и другие. Характерной чертой таких музеев-заповедников являются их небольшие размеры и ориентация на музеефикацию отдельного памятника. Новой тенденцией в сохранении археологического наследия является формирование значительных по площади музеев-заповедников, на которых возможно сохранить не только наиболее ценные памятники археологии, но и всю совокупность объектов археологического наследия, специфический археологический ландшафт. Такие музеи-заповедники становятся комплексными, приобретают также природно-ландшафтную и этнографическую специализацию (на их территории могут находится и старинные сельские поселения). Примером подобных музеев-заповедников можно назвать историко-культурный и природный музей-заповедник «Томская писаница» в Кемеровской области, историко-археологический и ландшафтный музей-заповедник «Ирендык» в Республике Башкортостан. Археологических музеев-заповедников в стране еще очень мало. Между тем в России имеется множество всемирно известных памятников, например, таких как Беломорские и Онежские петроглифы (Республика Карелия), Аркаим (Челябинская область), Барсова гора (Ханты-Мансийский автономный округ), Каргалинские рудники (Оренбургская область), сохранить которые можно только путем создания комплексных археологических музеев-заповедников. Развитие сети музеев-заповедников этого типа очень важно в связи с интенсивным освоением ряда территорий (например, Тюменский север), а также с целью охраны выдающихся памятников археологии от грабительских раскопок.
